ドメインモデルに表れるidはドメインモデル(おそらくFactoryメソッド内)で生成することを推奨しています。
ドメインモデルに表れるidをデータベースで生成した場合、ドメインモデルがデータベースに依存する形になってしまいます。
Clean Architectureで言われている通り、ドメインモデルが他のもの依存してはいけません。(標準ライブラリーのような、最低限の依存にするべきです)
一方で、ドメインモデルに表れないデータモデル都合のidはRepository内で生成します。
これはヘルパーidと呼びます。(依存関係のあるRepository を参照)
他にも、APIデザイン・パターンではidをクライアント側で生成するパターンについても解説しています。
WebAPIのテスタビリティが少し上がりますが脆弱性になる可能性もあるため、このパターンを採用した場合は慎重な実装が必要です。